Penduduk Sudan Selatan mempunyai pilihan untuk melanjutkan pelajaran ke peringkat yang lebih tinggi sama ada di universiti atau sekolah vokasional. Walaupun terdapat kekurangan kedua-dua institusi, beberapa program telah dilaksanakan untuk mengembangkan landskap semasa pendidikan tinggi di Sudan Selatan.

MSc, atau Master Sains, adalah ijazah akademik diiktiraf di peringkat antarabangsa yang menunjukkan kecekapan dan pengetahuan tentang topik yang diberikan lapangan. Kebanyakan program MSc mengambil masa empat tahun untuk selesai, selepas itu beberapa menyertai tenaga kerja manakala yang lain terus di dalam bilik darjah.